潔凈車間廣泛應用于眾多對生產環境有嚴格要求的領域，確保空氣中塵埃粒子、微生物等污染物控制在極低水平，以滿足特定生產工藝的需要。具體應用包括但不限于：
微電子與光電子產業：制造半導體芯片、顯示器、LED等高精度電子產品，要求高的空氣潔凈度以防制程污染。
電子材料與精密機械：生產敏感元件、精密儀器等，潔凈環境可提高產品良率，減少瑕疵。
制藥及生物工程：藥物合成、生物制劑、疫苗生產等，潔凈車間保證藥品安全性和療效。
食品與飲料行業：加工過程中維持衛生條件，確保食品安全與延長保質期。
化妝品行業：保護產品純凈度，避免微生物污染，確保產品質量。
醫療衛生：如醫院的潔凈手術室、實驗室，防止感染，保障患者安全。
航空航天：精密零部件的組裝與測試，需在無塵環境中進行。
印刷包裝與精密化學：保證產品不受污染，提高成品質量。
軍事科學：研發與制造高精密儀器與裝備，需要嚴格控制環境條件。
這些應用領域均依賴于潔凈車間提供的受控環境，以促進技術創新、提升產品質量和滿足嚴格的法規要求。